في العصور الوسطى، كانت مصر والشام مركزين حضاريين وسياسيين مهمين. خضعا لحكم الخلفاء الفاطميين (909-1171م)، ثم الأيوبيين (1171-1250م) بقيادة صلاح الدين الأيوبي، الذين حرروا القدس من الصليبيين. بعدها، حكمهم المماليك (1250-1517م) الذين تصدوا للمغول والصليبيين. ازدهرت العلوم والتجارة، خاصة مع سيطرة مصر على طرق التجارة بين الشرق والغرب. كانت القاهرة ودمشق من أهم المراكز العلمية والثقافية. انتهى العصر الوسيط بسقوط المماليك على يد العثمانيين عام 1517م.