يهدف برنامج الماجستير إعداد المعلم في العلوم إلى تنمية القدرات البحثية والتفكير العلمي والتطوير في فروع التخصص التي يدرسها الطالب، والتي تتفق مع الخطة البحثية للقسم والكلية والجامعة، وذلك باستخدام التقنيات والأساليب العلمية الحديثة وبالأصول والقواعد المتعارف عليها في مجال التخصص.